Lê Hoàng Quân có con trai tên Lê Hoàng Ngân, sinh năm 1982, Trung tá công an, hiện là Phó Hiệu trưởng Trường Đại học An ninh nhân dân (từ 16 tháng 2 năm 2020), nguyên Phó Giám đốc Công an tỉnh Đồng Nai (2015-2020)[5][6]

Lê Hoàng Quân có người em là Lê Hồng Phương, nguyên là Phó Bí thư Thường trực Tỉnh ủy tỉnh Đồng Nai, Trưởng đoàn Đại biểu Quốc hội tỉnh Đồng Nai. Vợ là bà Nguyễn Thị Kim Liên, nguyên là chủ tịch ủy ban mặt trận tổ quốc Việt Nam tỉnh Đồng Nai.